Pues resulta que se puede usar una extensión de Vim para analizar diferencias y aplicarlas entre varios archivos, usando una el comando:
vimdiff archivo1 archivo2
Para movernos por las diferencias, usaremos ]c y [c para ir a la siguiente y anterior diferencia.
Para aplicar las diferencias en uno u otro sentido usaremos
do obtiene la diferencia desde el otro archivo
dp aplica la diferencia sobre el otro archivo
También es posible realizar operaciones sobre un rango de líneas. Para mayor detalle, consultar
http://www.vim.org/htmldoc/diff.html
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